(二)運用法律、行政和經濟手段加強衛生行業管理，調節衛生資源配置；並逐步實行衛生工作的全行業管理。
(三)依法行政，實施衛生監督，規範昆明市醫療衛生服務行為，加強服務質量監控，嚴厲打擊非法行醫，整頓醫療秩序，規範醫療廣告等市場行為；加強衛生監督執法機構的組織建設和業務管理；監督采供血機構和臨床用血質量；監督食品、勞動、環境、輻射、學校衛生和消毒；負責衛生許可證的審批發放。
(四)承擔食品安全綜合協調工作，組織重大食品安全事故調查，實施食品安全標準，負責食品及相關產品安全風險評估和預警，統壹發布重大食品安全信息。
(五)建立健全醫療機構補償機制，配合財政、發展改革委等部門研究制定衛生補助辦法。負責定期公布醫療機構服務的數量、質量、價格、成本等信息和公共衛生監督結果，營造和規範醫療服務領域有序、平等的競爭環境。
(六)貫徹預防為主的方針，制定危害我市人民健康的重點疾病防治規劃；組織重大疾病、傳染病和地方病的綜合防治和監測；開展全民健康教育，提高全民保健意識。加強突發公共衛生事件應急隊伍建設，建立健全突發公共衛生事件應急機制，應對各類突發公共衛生事件。
(七)研究制定全市婦幼保健工作規劃，依法管理和規範婦幼保健技術服務，組織婦女兒童保健，降低孕產婦死亡率和嬰兒死亡率，提高婦女兒童健康水平。
(八)負責組織實施基本藥物制度。制定基本藥物采購、配送和使用的政策措施，提出基本藥物價格政策建議。
(九)制定社區衛生發展規劃和政策措施，負責社區衛生服務的管理和監督。貫徹以農村為重點的方針，研究制定全市農村衛生工作的規劃和政策措施；鞏固和發展農村醫療、預防、保健三級網絡，負責新型農村合作醫療管理；建立適應社會主義市場經濟體制和農村經濟社會發展要求，具有預防保健和基本醫療保健功能的農村衛生服務體系。
(十)研究制定全市衛生人才發展規劃，加強衛生人才資源的整體開發；制定衛生科技發展規劃和衛生人才教育發展規劃；組織設立我市醫藥衛生科研項目和科技攻關；指導醫學科技成果的推廣應用；加強衛生技術的對外合作與交流，促進衛生科技進步。
(十壹)研究制定全市中醫藥、中西醫結合和民族民間醫藥發展規劃；加強中醫藥機構建設，管理全市中醫藥醫療、科研機構的醫療、教學、科研業務；加強中藥資源的研究、開發和利用，振興中醫藥事業。
(十二)組織全市重大社會活動的醫療保障和緊急醫療救援工作；組織實施各類災害事故的應急救援，做好重大疫情的應急處置工作。
(十三)貫徹國家愛國衛生工作的方針、政策和法規，制定本市愛國衛生工作的地方性法規和有關規章制度；在城鄉組織愛國衛生運動；指導農村改水改廁。
(十四)負責昆明市幹部保健委員會確定的保健對象的醫療保健工作，負責市政府及中央在昆直屬單位和部門有關幹部的醫療管理，負責重要會議和重大活動的醫療衛生保障工作。
(十五)承辦市委、市政府和上級機關交辦的其他工作。