誤區壹：取得免稅收入，可以零申報
正確做法：按照相關規定，辦理增值稅減免備案的納稅人應納稅額為零，但並不代表該納稅人可以零申報，而是應該向稅務機關如實申報。
誤區二：當期未取得收入，企業所得稅可以零申報
正確做法：雖然沒有取得銷售收入，但是存在進項稅額，如果該納稅人因未發生銷售辦理零申報，未抵扣進項稅額會造成逾期抵扣而不能抵扣。正確方式是在對應的銷售額欄次填寫0，把當期已認證的進項稅額填入申報表的進項稅額欄次中，產生期末留抵稅額在下期繼續抵扣。
誤區三：企業長期虧損，企業所得稅可零申報
正確做法：企業的虧損是可以向以後五個納稅年度結轉彌補的，如果做了零申報，則第二年盈利就不能彌補以前年度虧損了，會造成企業損失。如果當年做了企業所得稅零申報，卻將虧損延長到以後年度扣除，是違反稅法規定的，所以虧損企業要慎重零申報。
誤區四：月銷售額未達15萬元只需零申報
正確做法：增值稅小規模納稅人容易陷入“月銷售額未達15萬元只需零申報”的誤區。實際上，按照相關規定，在享受國家稅收優惠的同時，應該向稅務機關如實申報。正確的方式是計算出不含稅收入，再用不含稅收入算出應繳納增值稅，填入申報表相應欄次享受免稅。
誤區五：已預繳稅款只需零申報
正確做法：雖然代開發票已經繳納了稅款，依然不能簡單地做零申報處理。應該在規定欄目填寫銷售收入，系統會自動生成已經繳納的稅款，進行沖抵。
誤區六：籌建期可做零申報
正確做法：籌建期的納稅人當期未發生銷售，也未認證增值稅進項發票，申報增值稅時可以辦理零申報。如果當期該納稅人有增值稅進項發票，且已在當期進行認證，則不能進行零申報，需按規定填寫當期進項稅額。