留抵稅是指作為壹般納稅人，當月購進貨物多，進項稅也就多，庫存商品也就多，如果當期進項大於銷項，就會出現留抵稅金，同時也會有相應多的庫存商品。即留抵稅是由於當期進項大於銷項所產生的稅收。如果只有留抵稅金而沒有實際庫存，則涉嫌貨物已發出但未計提銷售，有逃稅現象。
納稅人在稅務機關準予留抵退稅時，按稅務機關核準允許退還的留抵稅額，借記“應交稅費——增值稅留抵稅額”科目，貸記“應交稅費——應交增值稅（進項稅額轉出）”科目；在實際收到留抵退稅款項時，按收到留抵退稅款項的金額，借記“銀行存款”科目，貸記“應交稅費——增值稅留抵稅額”科目。
納稅人將已退還的留抵退稅款項繳回並繼續按規定抵扣進項稅額時，按繳回留抵退稅款項的金額，借記“應交稅費——應交增值稅（進項稅額）”科目，貸記“應交稅費——增值稅留抵稅額”科目，同時借記“應交稅費——增值稅留抵稅額”科目，貸記“銀行存款”科目。
增值稅留抵退稅政策最初是為了解決集成電路重大項目企業采購設備引起的增值稅進項稅額占用資金問題，對其因購進設備形成的增值稅期末留抵稅額予以退還。《財政部 國家稅務總局關於退還集成電路企業采購設備增值稅期末留抵稅額的通知》（財稅[2011]107號）第三條第（二）項規定，企業收到退稅款項的當月，應將退稅額從增值稅進項稅額中轉出。以前的政策並沒有規定如何進行會計處理，實際操作中，企業壹般在收到時借記“銀行存款”，科目，貸記““應交稅費——應交增值稅（進項稅額轉出）”科目。此次財政部會計司的解讀對此問題明確，應當根據《增值稅會計處理規定》通過“應交稅費——增值稅留抵稅額”科目進行核算。