1992年，全國治理風景名勝區“臟、亂、差”反面典型現場會在峨眉山召開。會後馬元祝臨危受命，擔任了峨眉山風景名勝區管委會黨委書記兼常務副主任。
1993年初，馬元祝召集和調動公安、工商、稅務、交通、宗教等部門負責人進入景區，開始了大刀闊斧的整治。
1994年初，馬元祝就在管委會領導班子會上提出要向聯合國教科文組織申報“世界文化與自然遺產”。
1994年12月，峨眉山被建設部評為 “全國衛生山”，
1996年8月18日，馬元祝坐車從峨眉山市出發到省建設廳修改補充峨眉山申報世界遺產的文件。在快到成都時，路遇車禍，造成馬元祝三根肋骨骨折，頸椎錯位。
2001年，管委會查出個體經營戶盧天焰利用假戶口獲得了景區經營權，於是取締了他的經營資格。盧天焰不服，兩次向法院提起訴訟，敗訴之後懷恨在心。10月4日上午，盧天焰帶著自制炸彈和匕首來到馬元祝家門口，威脅馬元祝恢復他的經營資格，馬元祝斬釘截鐵地說：“有違規定的事我不能辦！”盧天焰當場引爆了炸彈扔向馬元祝，壹聲巨響，馬元祝左手被炸傷，喪失正常功能，左眼也留下殘疾。
2004年6月，馬元祝去上海參加金頂華藏寺的恢復項目專家論證會，他感到肝區痛得厲害，醫生診斷懷疑是惡性腫瘤，但他為了景區規劃的如期完成，卻錯過了得到與他血型相配的肝臟而進行移植手術的機會。在等待了40多天以後，馬元祝才在天津做了肝臟移植手術。現在，馬元祝帶著有排異反應的肝臟、喪失正常功能的左手和幾乎失明的左眼，仍然堅守在峨眉山守護者的崗位上，每天都工作十幾個小時。2006年峨眉山***接待中外遊人324萬人次，全市實現旅遊收入28.52億元，分別比2004年增長19.9%和30.1%。
2004年23日,在南京召開的首屆“2004世界旅遊推廣峰會”頒獎晚會上,峨眉山管委會黨委書記馬元祝被授予“世界遺產旅遊推廣獎”。該獎項由世界旅遊組織和中國國家旅遊局聯合評定,每次評出壹位突出人物並給予獎勵。馬元祝是榮獲此項獎勵的第壹人。
2005年，考慮到遠離旅遊主幹線的農民還不富裕，馬元祝提出以旅遊反哺農村，在景區實施“興邊富民”工程，每年從旅遊收入中拿出3%約900萬元，扶持和組織農民發展茶葉、天麻等六大產業，如今，景區邊遠山區的從業人員年均增收達1萬多元。他認為“當官是為了做事，山不在高，有仙則靈；官不在大，幹成事就行”，他毅然決然選擇了事業；他身兼數職，按就高不就低的常規，他可以拿上市公司董事長的職位工資，但他卻選擇了三種工資中的最低工資--在市政府領取公務員的行政職務工資，這壹高壹低相差就是五六倍。