壹、認定條件不同：
連續12個月（按季申報連續四個季度）應稅銷售額達到500萬元以上的，必須認定為壹般納稅人，500萬以下的可以自行選擇是否認定壹般納稅人。
對於新成立的企業，如果沒有專門向稅務局申請認定壹般納稅人的，都是小規模納稅人，到達以上法定限額的，必須到稅務局申請認定壹般納稅人，否則稅務局會強制認定；沒有達到以上限額的企業也可以向稅務局申請認定
二、帳務處理上區別
(壹)在購買商品時，如果對方開具增值稅專用發票，兩者處理存在不同
1、壹般納稅人處理為
借：庫存商品等
應交稅金-應交增值稅(進項稅額)
貸：銀行存款等
2、小規模納稅人為
借：庫存商品等
貸：銀行存款等
小規模納稅人不能抵扣進項稅。
(二)在銷售商品時，采用的稅率不同。
1、壹般納稅人：
借：銀行存款(或應收賬款)
貸：主營業務收入
應交稅金--應交增值稅(銷項稅額)
2、小規模納稅人：
借：銀行存款(或應收賬款)
貸：主營業務收入
應交稅金--應交增值稅
三、稅收管理規定的區別：
1、壹般納稅人：自行開具增值稅專用發票；采購取得增值稅專用發票可以認定作為進項稅抵扣；應繳稅收計算方法為銷項減進項。
2、小規模納稅人：壹般使用普通發票，特定行業可以自行開具專用發票；采購取得增值稅專用發票也不能抵扣；應繳稅收計算方法為銷售額×征收率。
四、稅率與征收率不同：
1、壹般納稅人：看具體經營業務主要有13%，9%，6%三檔稅率
2、小規模納稅人：適用3%增值稅征收率
此外還有特殊的簡易征稅辦法，對小規模納稅人和壹般納稅人也會有區別