偽“蒙新聯合自治政府”以偽“蒙古同盟自治政府”的五個同盟為核心，加上察南、晉北兩個由“自治政府”改革而來的“府堂”。下轄盟、旗和市，下轄縣和市政廳。從1943，65438+10月，1，兩個“府署”都改為省，浐南府改為“宣化省”，轄張家口市和萬全、宣化、淮安、懷來、龍關、赤城、延慶、衛、涿鹿、陽原十縣。陜北衙門改為“大同省”，轄大同市及大同、懷仁、陽高、天鎮、渾源、廣靈、靈丘、朔平(右玉)、殷珊、英碩、左雲、平陸等十三縣。
民國二十六年(1937)，偽蒙古盟自治政府成立後，為了獲得盟旗諸侯的擁護和支持，加強了盟旗行政機構。在盟旗的行政設置上，首先強化了盟的行政領導地位。在清代，盟是各旗入盟的地方，不是壹級行政機構。民國時期，國民政府蒙藏委員會雖制定了盟、部、旗組織法，但並未實施。偽蒙古盟自治政府成立後，除錫林郭勒、烏蘭察布、察哈爾(1936設立察哈爾盟辦事處時確定為行政建制)外，三盟均確定為行政單位，設立盟辦事處，原綏遠省重新劃分為16縣和2個行署。部分縣劃歸烏蘭察布盟、伊克昭盟，綏遠以東大部分縣、旗新成立巴顏喀拉盟，以農業為主。所轄地區為:土默特、鄭弘、黃征、鑲嵌紅、鑲嵌藍、貴綏(後改為巴彥縣)、薩拉齊、清水河、托克托、桃林、豐鎮、集寧、涼城、和林格爾、興和10縣。巴彥塔拉盟成為偽蒙古盟自治政府管轄的五個盟中人口最多、土地資源最豐富的盟。此外，伊克昭盟所包括的地區有原濉溪河套地區的東勝、婺源、何琳縣、沃野管理局；烏蘭察布盟下轄地區為武川、固陽縣、安北管理局。新成立的後河浩特市和包頭市直屬偽蒙古聯盟自治政府。同時，重新任命了盟旗行政部門的負責人。根據各盟辦事處管轄區域的不同，分總務處(1938秋以後，均改為官辦)、民政、保衛、教育、畜牧生產等部門。分別設立，盡可能任命上層蒙古王公為理事，以示人脈。調整後，偽蒙同盟自治政府轄5盟2市。國土面積350萬平方裏，人口約250萬，其中蒙古族30萬，占總人口的12%。回族3.7萬人，占總人口的1.5%。
偽蒙同盟自治政府在縣縣並存、蒙漢雜居的地方，采取蒙漢分治的政策。土默特旗、黃征旗、鄭弘旗、鑲紅旗、鑲藍旗，加上巴彥縣、集寧縣、桃林縣、豐鎮縣，長期以來都是旗縣並存的地區。在這些旗縣，蒙漢雜居，農牧業並存。偽蒙同盟自治政府對這類地區實行分而治之的政策，蒙古人回旗，漢人回郡。為了便於統治，在市縣首長的安排上，大多任用漢族中的君子和富人；而且每壹個蒙古旗的總經理都是用蒙古人原來的官員。偽蒙古聯盟自治政府設在後河浩特(原歸綏)，政府設主席和副主席。如果主席是蒙古聯盟自治政府的君主，則副主席將在發生事故無法履行職責時代行其職責。政府設有專門的理事會，主管各種行政事務，實行行政院長負責制。政務院下設總務、財政、安全三個部門，每個部門又下設若幹部門。總務部下設總務、法制、建設、內務、教育、外交等部門；財政部有兩個部門:會計和稅務。安全部由兩個部門組成:警察和司法部。烏蘭察布、伊克昭、察哈爾、巴彥塔拉(後設)、錫林郭勒，後河浩特、包頭兩個市辦事處，是國務院管理的地方行政機關。與委員會平行的是蒙古軍總司令部和顧問委員會。此外，它還有壹個秘書處和壹個司法局。同時設立了由日本人組成的顧問部，擁有真正的軍政大權，下設總務、財政、保安等部門。
民國二十七年(1938)，1年8月，偽政務院組織結構改革，廢除總務、財政、保安三部制，實行1廳四部制(即總務廳、民政、財政、保安、畜牧生產)。綜合辦公室下設綜合辦公室、人事辦公室、會計辦公室和外事辦公室。民政部由三個部門組成:內政部、教育部和建設部。財政部有兩個部門，稅務和理財；安全部由兩個部門組成，即警察和司法部門；畜牧部下設兩個部門，分別是畜牧部和畜牧部。政府委員會的直屬機構包括土地局、司法局和參議院。
偽蒙古盟的自治政府由烏蘭察布盟(盟辦事處設在百靈寺)、錫林郭勒盟(盟辦事處設在北子寺，現錫林浩特市)、察哈爾盟(盟辦事處設在張北，現河北省)、巴顏塔拉盟(盟辦事處設在後河浩特，現呼和浩特市)、伊克昭盟(盟辦事處設在包頭)、後河浩特市、包頭市統治。其中，巴彥塔拉盟是由土默特特旗和察哈爾右翼旗合並新成立的。各團辦有1名領導、1名副領導、1名日本參團官，下設總務、民政、保衛、財政、教育等部門。後河浩特和包頭有1個市長和1個日本首席顧問，還有總務、財政、建設、司法、警察等部門。偽蒙古(即偽蒙古同盟自治政府)成立後，察南、晉北雖然行政上互不隸屬，但都在平綏鐵路上，交通、金融、工業密切相關。因此，為了加強對這三個政權的控制，掌握經濟命脈，奪取戰略物資，日本侵略軍在張家口成立了偽蒙新聯合委員會，下設總委員會和工業、金融、交通等專門委員會。還有1日本頂級顧問，以及多位參與顧問。
民國二十七年(1938)，1年8月，偽蒙疆聯委會進行機構改革，將幾個專門委員會改為總務、工業、財政、保安、民生、交通等六個部門，每個部門配備幾名日本顧問。偽蒙疆聯委會的組織和職權進壹步擴大和加強，使其由咨詢機構變為行政機構，成為蒙、察、晉北三個偽政權的上級行政機關。其轄區為偽蒙古同盟自治政府、偽陜北自治政府和偽陜南自治政府的轄區。偽蒙新聯合自治政府成立後，政府設主席壹人，副主席壹人，與主席並列的最高顧問(日本人)。主席辦公室是秘書處。政府由管理軍事事務的蒙古陸軍總司令部、具有咨詢和建議性質的參議院和管理政府事務的政府委員會組成。還有最高法院、最高檢等司法機關。
國務院由7個部門組成:總務部、民政部(蒙古學院、蒙古文化中心)、公安部(中央警校)、司法部(法院、檢查廳、監獄)、財政部(蒙古銀行、經濟監測部、稅務監督部)、工業部(庫存運輸總局)、交通部(郵電總局)。政務院直屬機構有蒙疆書院、海外代表部、辦事處、土地局、審計局、畜牧總局、2府、5盟、2市。偽蒙新聯合自治政府的管轄範圍包括察南衙門(原屬察南自治政府管轄)、晉北衙門(原屬晉北自治政府管轄)、伊克昭盟、烏蘭察布盟、錫林郭勒盟、巴彥塔拉盟、察哈爾盟、張家口市、包頭市、後河浩特市(包頭市、後河浩特市後屬巴彥塔拉盟管轄)。民國30年(1941)，8月4日，經偽蒙疆臨時政府委員會決定，偽蒙疆聯合自治政府改組為蒙古聯合自治州。365438年8月31(1942)改組行政機構，撤銷原政務院所屬的總務、民政、司法、財政、工業、交通等7個部門，成立1廳、兩署、三局、四委。原總務部改組為總務部，下設總務部、會計部、計劃部、人事部、會計部。原民政部、公安部合並為內政部，下設總務司、經理司、行政司、安全司、特勤司、衛生司、教育司、土地管理司。內政部直屬機構包括中央警察學校和中央青年教官培訓學院。原財政工業部並入經濟部，下設總務部、經理部、國稅部、財務部、煙鹽部、礦業部、農林部、工商部、貿易部、糧食部。經濟部直屬機構有稅務監察部、經濟監察部、庫存部、電力運輸部、中央農林實驗場等。新成立的孟醒委員會由總務廳、民政廳、教育廳、產業廳、保衛廳等部門和直屬機構組成，如蒙古文化研究所、畜牧實驗場、繁殖場、動物防疫部、宗武準備部、軍事普及部等。成立總兵力委員會和穆斯林委員會；將原司法部改為審判委員會，下設總務司、民政司、刑事司、行刑司，直屬機構為監獄；原紅寶分局升級為紅寶局；原交通部和郵電總局合並為通信總局，下設總務、管理、路政、郵政、電政、土木、城市規劃、城市建設。再成立壹個審計局。
32年(1943)秋，政府再次進行機構改革，將經濟部擴大為經濟、財政、工業三個部門。國務院共設立1個軍事聯絡部門，處理軍事聯絡事務。同時，對部分委辦的內設處室進行了調整。