最早投奔元朝，任義兵元帥，勇悍善戰，有弟朱亮元、朱亮宗。
至正十七年（1357年），為朱元璋所俘，投降。後參與鄱陽湖水戰，進軍武昌，升廣信衛指揮使。
元至正二十七年（1367年）九月，朱元璋遣朱亮祖、湯和、吳楨、廖永忠出兵浙東討方國珍。朱亮祖進攻臺州，其部將嚴德破關嶺山寨。洪武元年（1368年）九月，朱亮祖進攻臺州，方國瑛奔黃巖。朱亮祖追至黃巖，方國瑛又逃亡海上。十月，亮祖從太平嶺進克溫州，方明善挈家逃走。亮祖分兵徇瑞安，守將謝伯通以城降。又隨征南將軍廖永忠平定兩廣。
洪武三年（1370年），封永嘉侯。次年參與伐蜀戰役，因擅殺軍校，無加封。洪武十二年（1379年），鎮守廣州。
洪武十三年（1380年），亮祖擴建廣州城，將北城墻擴展到越秀山上，修鎮海樓。亮祖為人驕矜，“不知學，所為多不法。”番禺縣（今廣州市番禺區）縣令道同為人耿直，與當地惡劣士紳為難，土豪惡霸勾結亮祖，亮祖上奏皇帝，言道同無禮。道同被朱元璋處死。但朱元璋隨即察覺，悔之不及，深恨亮祖。
洪武十三年（1380年）九月三日，朱元璋召亮祖到帝都金陵，將朱亮祖及其長子朱暹以鞭子抽死，親自寫墓誌，以侯禮下葬。其子朱暹等人的皮被剝下，懸掛於鬧市，以儆效尤。
洪武二十三年（1390年），因胡惟庸案連坐，朱亮祖被除爵，其次子朱昱亦被殺。
《明史—列傳第二十》：朱亮祖，六安人。元授義兵元帥。太祖克寧國，擒亮祖，喜其勇悍，賜金幣，仍舊官。居數月，叛歸於元，數與我兵戰，為所獲者六千余人，遂入宣城據之。太祖方取建康，未暇討也。已，遣徐達等圍之。亮祖突圍戰，常遇春被創而還，諸將莫敢前。太祖親往督戰，獲之，縛以見。問曰：「爾將何如？」對曰：「生則盡力，死則死耳！」太祖壯而釋之。累功授樞密院判。從下南昌、九江，戰鄱陽湖，下武昌。進廣信衛指揮使。李文忠破李伯升於新城，亮祖乘勝燔其營落數十，獲同僉元帥等六百余人、軍士三千、馬八百匹，輜重鎧甲無算。伯升僅以數騎遁。太祖嘉其功，賜賚甚厚。胡深請會兵攻陳友定，亮祖由鉛山進取浦城，克崇安、建陽，功最多。會攻桐廬，圍余杭。遷浙江行省參政，副李文忠守杭州。帥馬步舟師數萬討方國瑛。下天臺，進攻臺州。國瑛出走，追至黃巖，降其守將哈兒魯，徇下仙居諸縣。進兵溫州。方明善拒戰，擊敗之，克其城。徇下瑞安，復敗明善於盤嶼，追至楚門。國瑛及明善詣軍降。洪武元年，副征南將軍廖永忠由海道取廣東。何真降，悉定其地。進取廣西，克梧州。元尚書普賢帖木兒戰死，遂定郁林、潯、貴諸郡。與平章楊璟會師，攻克靖江。同廖永忠克南寧、象州。廣西平。班師，太子帥百官迎勞龍灣。三年封永嘉侯，食祿千五百石，予世券。四年伐蜀。帝以諸將久無功，命亮祖為征虜右副將軍。濟師至蜀，而明升已降。徇下未附州縣。師還，以擅殺軍校，不預賞。八年同傅友德鎮北平。還，又同李善長督理屯田，巡海道。十二年出鎮廣東。亮祖勇悍善戰而不知學，所為多不法，番遇知縣道同以聞。亮祖誣奏同，同死，事見同傳。帝尋悟，明年九月召亮祖至，與其子府軍衛指揮使暹俱鞭死。禦制壙誌，仍以侯禮葬。二十三年追論亮祖胡惟庸黨，次子昱亦坐誅。