(1)辦公室(信訪科)。政府事務的綜合協調；負責財政和國有資產管理，組織重要會議和監督調研工作；負責文秘、保密、信息、宣傳、檔案、安全等工作；協調、指導、檢查和監督全市教育系統的信訪工作；負責教育系統新聞輿論工作的組織、指導和協調。
(2)人事科。負責機關及直屬單位的人事和機構編制管理；負責教育系統
表彰和獎勵工作；指導教師資格認定和管理工作；負責授權範圍內的幹部管理；負責教師的評聘；規劃和指導教育行政人員、中學以下學校校長(含幼兒園園長)和教師隊伍建設；配合有關部門研究落實各級各類學校的編制標準；指導各級各類學校內部人事和分配制度改革，承擔教育系統人才隊伍建設。
(3)發展規劃科。制定全市教育發展規劃並組織實施；會同有關部門承辦市屬中等職業學校的設立、撤銷和更名；擬定市屬中學、高中招生計劃；總局下屬單位基本建設項目和教育基礎設施投資；負責全市教育基礎信息的統計分析。
(4)財務審計科。參與制定教育經費籌集、教育撥款和教育基礎設施投資計劃；統籌管理教育經費，編制所屬單位教育經費預決算，管理國有資產和教育專項資金、國內外教育貸款和贈款；負責下屬單位的財務監督；指導和推動學校後勤工作和後勤改革；負責工商、稅務、金融檢查等方面的協調工作；負責教育系統的內部審計。
(五)基礎教育(南陽市農村中小學現代遠程教育應用指導辦公室)。承擔義務教育的宏觀管理；制定促進義務教育均衡發展的規劃，提出保障學生平等接受義務教育的政策措施；規範義務教育學校辦學行為，推進義務教育教學和課程改革；組織審定義務教育階段市級課程教材，指導教學信息化、圖書館、實驗設備等工作；指導義務教育階段的德育和校外教育；指導社會力量舉辦的義務教育；負責全市民辦教育的綜合協調；負責全市農村中小學現代遠程教育項目的管理、教學資源開發、人才培養和應用指導。
(6)基礎教育。承擔普通高中教育、學前教育和特殊教育的宏觀管理；擬訂普通高中教育、學前教育和特殊教育的發展措施和基本教學文件；組織審定普通高中、學前教育和特殊教育的市級課程教材，推進課程改革；指導普通高中、學前教育和特殊教育的教學信息化、圖書館和實驗設備建設，指導普通高中、學前教育和特殊教育學校的德育和校外教育；指導社會力量舉辦的普通高中教育、學前教育和特殊教育工作。