1、發放年終獎的當月工資高於5000元時，年終獎扣稅方式為：年終獎*稅率-速算扣除數，稅率是按年終獎/12作為“應納稅所得額”對應的稅率。
2、當月工資低於5000元時，年終獎個人所得稅=（年終獎-（5000-月工資））*稅率-速算扣除數，稅率是按年終獎-（5000-月工資）除以12作為“應納稅所得額”對應的稅率。
個人所得稅是調整征稅機關與自然人之間，在個人所得稅的征納與管理過程中所發生的社會關系的法律規範的總稱。
個人所得稅是國家對本國公民、居住在本國境內的個人的所得和境外個人來源於本國的所得征收的壹種所得稅。在有些國家，個人所得稅是主體稅種，在財政收入中占較大比重，對經濟亦有較大影響。
在中國，個人所得稅的納稅義務人，既包括居民納稅義務人，也包括非居民納稅義務人。居民納稅義務人負有完全納稅的義務，必須就其來源於中國境內、境外的全部所得繳納個人所得稅；而非居民納稅義務人僅就其來源於中國境內的所得，繳納個人所得稅。2018年8月31日，修改個人所得稅法的決定通過，基本減除費用標準調至每月5000元。2020年4月1日，國家稅務總局發布2019年度個人所得稅綜合所得年度匯算辦稅指引。
法律依據
《中華人民***和國個人所得稅法》
第六條 個人所得稅法規定的各項個人所得的範圍：
（壹）工資、薪金所得，是指個人因任職或者受雇取得的工資、薪金、獎金、年終加薪、勞動分紅、津貼、補貼以及與任職或者受雇有關的其他所得。
（二）勞務報酬所得，是指個人從事勞務取得的所得，包括從事設計、裝潢、安裝、制圖、化驗、測試、醫療、法律、會計、咨詢、講學、翻譯、審稿、書畫、雕刻、影視、錄音、錄像、演出、表演、廣告、展覽、技術服務、介紹服務、經紀服務、代辦服務以及其他勞務取得的所得。
（三）稿酬所得，是指個人因其作品以圖書、報刊等形式出版、發表而取得的所得。
（四）特許權使用費所得，是指個人提供專利權、商標權、著作權、非專利技術以及其他特許權的使用權取得的所得；提供著作權的使用權取得的所得，不包括稿酬所得。
（五）經營所得，是指：
1.個體工商戶從事生產、經營活動取得的所得，個人獨資企業投資人、合夥企業的個人合夥人來源於境內註冊的個人獨資企業、合夥企業生產、經營的所得；
2.個人依法從事辦學、醫療、咨詢以及其他有償服務活動取得的所得；
3.個人對企業、事業單位承包經營、承租經營以及轉包、轉租取得的所得；
4.個人從事其他生產、經營活動取得的所得。
（六）利息、股息、紅利所得，是指個人擁有債權、股權等而取得的利息、股息、紅利所得。
（七）財產租賃所得，是指個人出租不動產、機器設備、車船以及其他財產取得的所得。
（八）財產轉讓所得，是指個人轉讓有價證券、股權、合夥企業中的財產份額、不動產、機器設備、車船以及其他財產取得的所得。
（九）偶然所得，是指個人得獎、中獎、中彩以及其他偶然性質的所得。
個人取得的所得，難以界定應納稅所得項目的，由國務院稅務主管部門確定。