農業企業免收的稅種有：相關增值稅；針對相關種植業、養殖業和農林產品初加工業、漁業、國有農業企業、家禽行業免收企業所得稅；車船使用稅；印花稅；城鎮土地使用稅等。
1、相關增值稅：
農業生產者銷售的自產農產品；對從事農業機耕、排灌、病蟲害防治、植保、農牧保險以及相關技術培訓業務，家禽、牲畜、水生動物的配種和疾病防治工作所取得的收入；對單位或個人將土地、水面等發包(出租)給其他單位或個人從事農業生產所收取的承包金(租金)；轉讓給農業生產者用於農業生產的人工用材林。
2、針對種植業、養殖業和農林產品初加工業免收企業所得稅：
（1）對重點龍頭企業從事種植業、養殖業和農林產品初加工業取得的所得，比照財政部、國家稅務總局《關於國有農口企事業單位征收企業所得稅問題的通知》(財稅字[1997]49號)規定，暫免征收企業所得稅。
（2）對包括國有企事業單位在內的所有企事業單位種植林木、林木種子和苗木作物以及從事林木產品初加工取得的所得暫免征收企業所得稅。
（3）經過全國農業產業化聯席會議審查認定為重點龍頭企業暫免征收企業所得稅；生產經營期間符合《農業產業化國家重點龍頭企業認定及運行監測管理暫行辦法》規定的暫免征收企業所得稅。
3、針對漁業企業免收企業所得稅：
（1）對取得農業部頒發的“遠洋漁業企業資格證書”並在有效期內的遠洋漁業企業從事遠洋捕撈業務取得的所得暫免征收企業所得稅。
（2）對取得各級漁業主管部門核發的“漁業捕撈許可證”的漁業企業，從事外海、遠洋捕撈業務取得的所得，暫免征收企業所得稅。
（3）國有農口遠洋漁業企業和其他國有農口漁業企業從事漁業類初加工取得的所得，按照財政部、國家稅務總局下發的《關於國有農口企事業單位征收企業所得稅問題的通知》(財稅字[1997]49號)的規定征免所得稅。
4、對國有農業企業免收企業所得稅：
（1）對邊境貧困的國有農場、林場取得的生產經營所得和其他所得暫免征收企業所得稅。
（2）除上述政策外，國有農業企事業單位還可享受國家統壹規定的其他企業所得稅優惠政策。如遇有優惠政策交叉的情況，在具體執行時，可選擇適用其中壹項最優惠的政策，不能兩項或幾項優惠政策累加執行。
5、對家禽行業免收企業所得稅：
（1）對家禽養殖(包括種禽養殖)、加工和冷藏冷凍企業進行家禽養殖(包括種禽養殖)、加工和冷藏冷凍所取得的所得免征企業所得稅。
（2）對企業或個人由於禽類撲殺所取得的財政專項補助，免征企業所得稅或個人所得稅。
6、車船使用稅：
（1）拖拉機專門用於農業生產的，免征車船使用稅。
7、印花稅：
代購、代銷“國務院市場調節糧”協議書免征印花稅。
8、城鎮土地使用稅：
直接用於農、林、牧、漁業的生產用地免繳土地使用稅。