科室名稱
辦公室
負責綜合協調機關政務工作；起草和審核重要文件，審核把關局機關公文；負責全市性稅收工作會議和局長辦公會議等重要會議的組織工作；負責全市稅收宣傳工作；負責文件的收發運轉；編發政務信息；管理文書檔案；處理群眾來信來訪；組織辦理市人大、政協的提案和議案；負責機關機要保密和安全保衛工作；制定機關內部規章制度，管理機關財務和財產等行政事務。負責地方稅收理論、政策調研的組織與管理工作；負責督查市局重要事項的落實工作。
政策法規科
負責指導全市地稅系統的政策法規工作。負責重要的稅收政策、法規和地方稅制改革方案調查研究的組織協調工作，並負責審核上報；會同有關科室審核、協調有關部門轉來的法規、規章草案中涉及稅收方面的條款。負責市局與有關單位聯合制定下發的對納稅人具有普遍約束力的規範性文件（包括批復、補充或解釋性文件）的審核會簽工作。負責稅務聽證、復議、應訴和賠償工作，制定行政處罰工作制度。負責擬定和解釋稅務行政執法責任、稅收執法檢查、稅收執法過錯追究、重大案件審理等稅收業務規章制度。負責稅收法律、法規、規章和規範性文件的匯編及執行情況的監督檢查。負責市局稅務案件審理委員會辦公室的日常工作。負責稅務司法方面的鑒定、解釋工作，對外出具稅收法律意見書。負責定期對市局制定的規範性文件的清理、鑒定。
稅政壹科
負責營業稅、房產稅、城鎮土地使用稅、土地增值稅、城市維護建設稅、車船稅、印花稅、資源稅、煙葉稅、教育費附加、地方教育附加和文化事業建設費的政策管理工作，制定具體的征收管理辦法；按照稅收管理權限，對有關稅收法律、法規在執行中的壹般性解釋和處理組織辦理有關稅收減免中的具體事項；開展稅收調研，提出有關稅收政策調整的建議。
稅政二科
負責個人所得稅、企業所得稅的政策管理工作，制定具體的征收管理辦法；按照稅收管理權限，對有關稅收法律、法規在執行中的壹般性解釋和處理組織辦理有關稅收減免中的具體事項；提出有關稅收政策調整的建議。
規費征收管理科
負責基本養老保險費、失業保險費等社保費的政策工作，制定具體的征收管理辦法。配合有關部門編制社會保險費收入計劃建議數和分析社會保險費收入進度情況。負責社會保險費政策、法規的宣傳和培訓工作。
征收管理科
負責貫徹實施《稅收征管法》及其《實施細則》以及國家稅務總局制定的有關稅收征管辦法、制度、規定等。組織實施地方稅收綜合性稅收征管法規及規章制度，負責協調解決征管工作中的爭議問題；改革完善地方稅收征收管理辦法；負責地稅系統征管業務規程的規範管理；指導稅務登記、申報、稅務檢查和稅收資料管理；負責管理延期繳納稅款工作；管理稅收發票；負責企業辦稅員的管理工作；組織起草有關稅收法律法規草案和實施細則，提出地方稅制改革建議，擬定稅收業務規章制度。
計劃財務科
匯總分析全市地稅系統稅收會計、統計信息數據；擬定稅收計劃和會計、統計制度並監督檢查執行情況。管理全市地稅系統的經費、財務、裝備和固定資產；監督執行地稅系統財務制度；審核匯編直屬單位的財務預、決算；辦理各項經費的領撥；組織實施地稅系統的內部審計；負責稅收票證和完稅證的管理工作。組織研究分析全市地方稅收稅源狀況及變化情況。
人事教育科
負責地稅系統黨的建設和領導班子建設。按照幹部管理權限，負責本市地稅系統各級領導班子考核任免、後備幹部以及幹部職工、人員編制、機構設置、勞動工資和離退休幹部的管理；負責地稅系統幹部制度改革和實施國家公務員制度；負責系統出國（境）的審批和幹部監督審查工作；管理地稅系統人事檔案。制定全市地稅系統幹部教育規劃，組織幹部學歷教育和崗位培訓工作；負責全市地稅系統思想政治工作、精神文明建設。
監察室
負責監督檢查全市地稅系統各級機關及工作人員執行國家法律、行政法規、規章的情況，負責對系統稅務人員廉政教育、檢查處理行政違法和稅務執法違紀案件。
信息技術科
負責全市地方稅務系統計算機應用於稅收管理的各個環節的指導與管理；負責計算機購置、配發、網絡建設及功能配置管理工作；負責計算機軟件的推廣、應用；負責計算機管理制度的建立、人員培訓以及網絡安全管理工作；組織實施辦公現代化管理工作；負責經濟信息的提供處理工作。
市縣區局
荔城區地方稅務局
城廂區地方稅務局
涵江區地方稅務局
秀嶼區地方稅務局
仙遊縣地方稅務局
直屬單位
稽查局
直屬分局
湄洲分局