根據上述職責，市教育局設11個內設機構。
（壹）辦公室
綜合協調機關行政事務；負責重要會議的組織安排和督辦查辦工作；負責局機關財務和國有資產管理；負責責任目標及人大建議、政協提案的督辦工作；負責文秘、信息、宣傳、檔案、機要、保密、保衛、計劃生育、政務公開及機關精神文明建設等工作。
（二）人事科（濮陽市教師資格管理辦公室）
負責局機關及直屬單位人事和機構編制管理工作；按照有關規定，負責幹部管理權限範圍內的幹部管理工作；指導全市中小學教師隊伍建設；負責全市教育系統教師以外的教育幹部培訓工作；負責全市教育系統的表彰獎勵工作；負責全市教師資格認定工作；參與擬定普通大中專畢業生就業政策；配合市政府職稱主管部門，承辦教育系列中級專業技術職務任職資格評審工作；負責市直屬學校人員檔案管理工作；指導市直、油田學校幹部隊伍建設和思想作風建設。
（三）政策法規科
負責全市教育系統依法行政工作；承擔全市教育改革與發展戰略的研究和重大問題的政策調研工作；擬訂教育法規的落實方案及規範性文件；負責教育系統綜合法規宣傳教育和執法監督工作；負責機關的行政復議和應訴工作；承擔機關規範性文件的審核工作；組織指導教育方面的對外交流與合作；按照有關規定管理教育援外和外援項目；開展同國外和港、澳、臺地區的教育交流與合作；指導有關學校承擔國家和省、市重大科研項目的實施工作。
（四）財務科（教育審計辦公室）
參與擬訂教育經費籌措、教育撥款和教育基建投資有關政策；統籌管理教育經費；負責直屬單位的財務監管工作；編制市屬學校及直屬單位教育事業費預算、決算，管理國有資產；管理國內外教育貸款和增援款；指導和推進學校後勤工作改革；負責有關工商稅務、財務檢查方面的協調工作；負責教育系統內部審計工作；管理局會計核算中心日常工作。
（五）發展規劃科
擬定全市教育事業發展規劃，指導規劃的實施及落實；擬訂普通中小學校和普通中等專業學校招生計劃；負責高等學校管理體制改革的有關工作；負責直屬學校體制改革工作；會同有關部門承辦直屬學校的布局、結構調整和設置、撤銷及更名工作；管理市級教育基本建設項目及教育基本建設投資；負責全市教育事業基本信息統計和分析工作。
（六）基礎教育壹科（濮陽市農村中小學現代遠程教育應用管理辦公室）
承擔義務教育的宏觀管理工作；擬訂推進義務教育均衡發展政策，提出保障學生平等接受義務教育的政策措施；規範義務教育學校辦學行為，推進教學改革和課程改革；組織選用義務教育階段課程教科書；指導義務教育的教學信息化、圖書館和教學實驗設備配備工作；負責義務教育階段學校招生、學籍管理、課程設置工作；指導、管理義務教育階段學校的德育、勞動教育和校外教育工作；協調指導全市中小學校少先隊工作；會同有關部門指導民辦義務教育機構的工作；負責全市農村中小學現代遠程教育工程的應用管理等工作。
（七）基礎教育二科
承擔普通高中教育、幼兒教育和特殊教育的宏觀管理工作；擬訂普通高中教育、幼兒教育和特殊教育的發展政策和基本教學文件；組織選用課程教科書，推進普通高中教育、幼兒教育和特殊教育的課程改革；負責全市普通高中學業水平考試的組織管理及協調工作；負責高中、幼兒園（學前班）、特殊教育的招生及學籍管理；指導普通高中教育、幼兒教育和特殊教育的教學信息化、圖書館和實驗設備配備工作；負責普通高中教育、幼兒教育和特殊教育的德育、勞動教育和校外教育工作；負責全市學校***青團工作；會同有關部門指導民辦高中、幼兒、特殊教育機構的工作。
（八）職業、成人與高等教育科（濮陽市民辦教育管理辦公室）
綜合管理全市職業教育、成人教育和高等教育工作，擬定職業教育、成人教育和高等教育改革和發展規劃、措施；負責職業學校專業課教師的培訓、培養和骨幹教師管理工作；負責職業中專和成人中專的專業設置、招生、學籍管理、考核與評估、發放學歷證書工作；指導全市國家級、省級重點和示範性職業學校建設；指導職業學校畢業生就業工作；指導中等職業教育、成人教育和高等教育教學改革和德育工作；承擔掃除青壯年文盲的管理與指導工作；負責全市民辦教育的綜合協調管理工作；指導民辦高等和中等職業學校工作；管理各類高等繼續教育和遠程教育工作。
（九）師資培養培訓科
指導全市師範教育教學改革；指導中小學教師的培養、培訓和繼續教育工作；參與全市中小學教師隊伍建設工作；負責中小學教師師德建設工作。
（十）體育衛生藝術教育科
指導學校體育、衛生健康教育和藝術教育工作；貫徹實施有關體育、衛生、藝術教育教學與學校體育競賽的指導性文件；指導學校體育、衛生、藝術有關教材和器材設施建設工作；指導學生的軍訓和國防教育工作，協調學校組團參加重大體育競賽和藝術活動。
（十壹）學校安全管理辦公室
制訂教育系統安全工作規劃、規章制度；負責全市學校平安建設及社會治安綜合治理工作的檢查、考核和評比；指導學校安全教育工作；指導學校制定安全事故應急處理預案；協調指導學校食品、衛生、消防、防汛、交通、校舍等安全工作。
離退休幹部工作科。負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。