《財政部國家稅務總局關於企業重組中企業所得稅處理若幹問題的通知》(財稅[2009]59號)第壹條第(五)項規定，合並是指壹個或多個企業(以下簡稱被合並企業)將其全部資產和負債轉讓給另壹個現有的或新設立的企業(以下簡稱被合並企業)，被合並企業的股東以被合並企業的股權或非股權支付交換實現兩個或兩個。
第三條規定，企業重組的稅務處理，根據不同情況，分別適用壹般稅務處理規定和特殊稅務處理規定。
第四條規定，企業重組除符合本通知規定的特殊稅務處理規定外，還應按以下規定進行稅務處理:
(四)企業合並，各方應按下列規定辦理:
1.被合並企業應當按照公允價值確定接受被合並企業資產和負債的計稅基礎。
2.被合並企業及其股東應按清算進行所得稅處理。
3.被兼並企業的虧損不得在被兼並企業結轉彌補。
第六條規定，企業重組符合本通知第五條規定條件的，交易雙方可按以下規定對其交易的股權支付部分進行特殊稅務處理:
(四)企業合並，企業合並時企業股東取得的股權支付金額不低於交易支付總額的85%，且同壹控制下的企業合並未支付對價的，可以按照下列規定處理:
1.被合並企業接受被合並企業資產和負債的計稅依據，由被合並企業原計稅依據確定。
2.被合並企業合並前的有關所得稅事宜，由被合並企業承繼。
3.被合並企業可以彌補的被合並企業虧損限額=被合並企業凈資產公允價值×被合並企業發生當年年末國家發行的最長期限國債利率。
4.已取得被合並企業股權的被合並企業股東的計稅基礎，以被合並企業原有股權的計稅基礎確定。
第十壹條規定，企業符合本通知規定的特殊重組條件，選擇特殊稅務處理的，有關各方應當在重組業務完成當年企業所得稅年度申報時，向主管稅務機關提交書面備案材料，證明其符合各項特殊重組規定的條件。企業未按要求進行書面備案的，不得按特殊重組業務進行稅務處理。
根據上述規定，境內法人公司A與法人公司B合並屬於企業重整。如果重組適用壹般稅務處理規定，被合並企業B的虧損不得在被合並企業結轉彌補。
重組實行特殊稅務處理的，被合並企業B的虧損可按被合並企業按規定計算的金額結轉彌補。實行特殊稅務處理的，應符合財稅[2009]59號文件第五條，企業股東在合並時取得的股權支付金額不低於交易支付總額的85%，以及同壹控制下企業合並不支付對價。
報送資料見《中華人民共和國國家稅務總局關於發布〈企業重組企業所得稅管理辦法〉的公告》(中華人民共和國國家稅務總局公告2010第4號)第三章企業重組特殊稅務處理管理規定。