理論上，與檢察建議模式相比，附條件不起訴模式在促進企業建立有效的合規計劃方面具有諸多制度優勢。比如從時間順序上看，檢察機關通常是在作出不起訴決定後提出“檢察建議”，這種檢察建議對企業的約束力相對有限。企業是否以及如何推進合規體系建設，檢察機關不會對企業進行相應的獎勵或處罰。相反，檢察機關對有合規意願的企業確定檢查期限，責令企業接受合規監管，並根據建立合規制度的效果決定是否起訴，使涉案企業承受強大壓力，從而產生強烈的合規動機。再比如，在檢察建議模式下，檢察機關通常不會對企業推進合規體系建設的情況進行持續監督。在附條件不起訴模式下，檢察機關壹般會將企業納入合規監督程序，在專業合規監督員的協助下對企業進行監督檢查，對合規制度建設進行專業評估，有助於企業進行有效的制度整改，消除管理漏洞，減少違法犯罪隱患。再比如，提出檢察建議的檢察機關通常不會設定嚴格的考察期，而適用附條件不起訴的檢察機關則會設定6個月以上的考察期，責令企業接受合規監督員的持續監督，定期提交合規進度報告，這顯然更有助於企業真正建立有效的專項合規計劃。
附條件不起訴模式雖然在理論上具有上述制度優勢，但由於我國相關法律並未進行實質性調整，檢察機關不得不在現有法律框架下引入企業合規機制，因此企業合規機制與現行公訴制度存在壹些不兼容、不銜接的問題。比如，我國檢察機關不享有行政處罰權，不能像國外檢察機關那樣對涉案企業處以高額行政罰款；我國檢察機關對大部分單位犯罪沒有立案偵查權，不能像國外檢察機關那樣早與涉案企業達成和解協議，只能在公安機關或監察部門的偵查或調查程序結束後適用合規監督程序；對於那些被行政調查的企業違法案件，我國檢察機關只能在行政機關移送刑事訴訟後介入案件，無法與涉案企業簽訂壹攬子和解協議，也難以獲得行政機關在推動合規制度建設方面的支持。
考慮到合規不起訴制度改革剛剛開始，很多檢察機關只是出臺了相關改革方案或規範性文件，合規不起訴的典型案例很少。因此，這壹制度的探索和效果需要長期跟蹤，並按照社會科學方法進行適當評估。但無論如何，檢察機關都要把是否消除企業管理制度的隱患、是否促進企業轉變經營模式、是否在防控企業違法犯罪行為中發揮積極作用作為評價合規不起訴制度改革成功與否的重要指標。