1. 無法進行紙質備份：壹些用戶認為，將發票信息存儲在電子設備中可能會存在數據丟失、損壞等問題，而無法進行紙質備份，有時候可能會導致稅務憑證的不完整。
2. 安全性問題：全電子發票存在著被黑客攻擊或者病毒感染的風險，而惡意軟件都在無意之間植入電子發票惡意侵犯隱私。對於那些對電腦技術不太了解的人來說，安全性風險更容易變成現實。
3. 用戶體驗不佳：壹些用戶覺得全電子發票的查詢、下載等操作比較繁瑣，而且需要等待壹段時間或經過壹些步驟才能完成，使用體驗不夠友好。
綜上，全電子發票相對於傳統紙質發票來說有優勢也有不足，建議用戶在使用前了解相關情況，根據自身需求進行選擇。