（壹）稽查局
泉州市國家稅務局設置1個稽查局，級別為正科級。其內設機構5個，級別為正股級，具體名稱為：綜合科、綜合選案科、檢查科、案件審理科、案件執行科。
負責組織、指導、協調和監督本系統的稅收檢查工作；負責對本級和年度計劃確定的重點稅源企業和稅務違法案件的查處、審理、執行工作；組織貫徹稅務稽查規章制度，擬定具體實施辦法；負責稅收案件舉報的受理、轉辦；對下級稅收檢查情況進行復查復審；負責與公安、檢察、審判機關協調稅務稽查中的司法工作；負責金稅工程發票協查工作；負責牽頭組織稅收專項檢查工作。
（二）直屬稅務分局
泉州市國家稅務局設置1個直屬稅務分局，級別為正科級。其內設機構6個，級別為正股級，具體名稱為：辦公室、綜合業務科、計劃征收科、稅源管理壹科、稅源管理二科、辦稅服務廳(暫不設立)。
負責對所轄市屬以上大企業和跨國企業的稅源監控、管理和稅款征收。具體職責是：負責所轄納稅戶稅務登記及納稅申報的調查核實、進行稅源預測和分析、重點稅源管理跟蹤監控、稅收宣傳、納稅輔導、稅收調研、納稅服務、日常檢查、戶籍管理、政策送達、稅源調查、定額核定、催報催繳、數據采集分析、組織實施納稅評估、處理壹般性違規違章行為等。