1、即征即退稅收優惠時無法退還城市建設稅。征即退辦法退還的增值稅不免征城市維護建設稅,因此,即征即退部分增值稅計算繳納的城市維護建設稅不可以返還。
2、教育費附加,研發費用加計扣除稅收優惠口徑偏窄。在企業實際進行科研過程中，很多費用與項目直接有關，也是項目直接成本的壹部分，由於沒有被明確列舉，而不能加計扣除，顯然不合理。
3、高新技術企業認定要求較高。在中國境內（不含港、澳、臺地區）註冊的企業，近三年內通過自主研發、受讓、受贈、並購等方式，或通過5年以上的獨占許可方式，對其主要產品（服務）的核心技術擁有自主知識產權.