壹般納稅人，註銷後企業還有存貨余額的，其存貨余額部分應按存貨的適用稅率計算補交已抵扣的稅款，因為存貨在當初購進時其進項稅金已作了抵扣，減少了當期應交稅金，既然現存貨已經退出了企業的經營活動，所以要對先期已抵扣的進項稅進行調整。
清算應註意，企業對所有的資產包括存貨是如何處理的，如果分配給股東或投資者，則應視同銷售；如果無償贈送他人，則應視同銷售；如果已沒有使用價值而廢棄或盤虧，應作非正常損失，作進項稅額轉出，補繳稅金。
註銷稅務登記後，企業已不能再進行經營活動了，如果企業存貨沒有處理完畢，過壹段時間後還有存貨需要銷售時，應持購貨單位的結算證明和雙方的購銷協議，到稅務機關開立普通發票，並按稅收政策規定按征收率交納稅款。根據《財政部國家稅務總局關於增值稅若幹政策問題的通知》（財稅[2005]165號）的規定： 壹般納稅人註銷或被取消輔導期壹般納稅人資格，轉為小規模納稅人時，其存貨不作進項稅額轉出處理，其留抵稅額也不予以退稅。