作廢增值稅專用發票最主要的是在開票體系裏報廢，在發票填開窗口裏有個發票作廢壹欄，單點需要報廢的發票。
根據《中華人民***和國發票管理辦法》第十九條：銷售商品、提供服務以及從事其他經營活動的單位和個人，對外發生經營業務收取款項，收款方應當向付款方開具發票，因此如果只是固定資產報廢，而不涉及對外銷售，則不能開具發票。
擴展資料：
註意事項：
國稅發〔2006〕156號文件規定，增值稅壹般納稅人在開具專用發票當月，發生銷貨退回、開票有誤等情形，收到退回的發票聯、抵扣聯符合作廢條件的，按作廢處理;開具時發現有誤的，可即時作廢。
作廢條件的規定如下，銷售方開具專用發票時發現有誤，發票聯、抵扣聯尚未交付給購買方的，可當月即時作廢。
對於滿足專用發票作廢條件的，銷售方取得發票聯、抵扣聯後，須在防偽稅控系統中將相應的數據電文按作廢處理，在紙質專用發票(含未打印的專用發票)各聯次上註明作廢字樣，全聯次留存。這裏要註意的是，專用發票作廢需要在紙質和電子雙重環境下操作，不能漏了任何壹方。
百度百科-發票作廢