1，進貨發票不規範，難以判斷商家真偽。
2.采購分類賬的建立和記錄不規範。
3.企業的收購業務和支付方式廣泛采用現金交易，導致稅務機關難以確認真實的收購金額。
4.實際工作中很難界定收購對象的身份。根據現行政策，增值稅壹般納稅人只允許在購買農業生產者生產的免稅農產品時使用購買憑證抵扣稅款。但在日常工作中，很難判斷購買對象是農業生產者還是非農業生產者。
加強農副產品收購企業管理的措施:
1.嚴把收購資格關。
2.嚴格控制發票定額、定額供應和驗舊換新制度，嚴格監督企業開票對象、開票範圍和開票規範。
3.實行大宗農產品收購預申報和現場查驗制度。
4、建立收購企業月度申報數據審核制度，運用納稅評估實施動態監控。
5、落實科學化、精細化管理要求，對農產品收購企業實行行業管理，明確專門的稅收管理員，從而統壹政策和管理要求，嚴格管理農產品收購企業。