證據搜集困難。違法者大都為私有性質，企業內部各環節相互串通，甚至毀滅證據；
二是地方阻力較大，有些違法者善於疏通，找出相關人員出面打招呼，甚至個別地方領導以發展經濟、支持生產，保護招商引資為名，公開要求稅務機關放水；
三是部門協調不足。個別大要案的查處與相關部門聯合檢查，不僅沒有增加威攝作用，相反卻泄漏秘密，失去良機。（具體可以咨詢財會網）
四是內部機制弱化。未形成大要案查處的個人負責制，查處的深與淺、廣與窄沒有標準，定案的監督渠道又很局限。