總而言之，需要向當地稅務機關匯報，壹般情況下有兩種解決方案：
1、辦理退稅手續，重復申報成功並扣款屬於系統BUG問題，攜帶2份申報表、銀行扣款流水及退稅申請1份前往稅務辦理國庫退稅手續，但是國庫退稅壹般周期會比較長
2、向主管稅務機關匯報，撤銷其中1次的申報，已扣的稅款辦理以後其他稅款抵扣手續。
擴展資料：
1、納稅人超過應納稅額繳納的稅款，稅務機關發現後應當立即退還;納稅人自結算繳納稅款之日起三年內發現的，可以向稅務機關要求退還多繳的稅款並加算銀行同期存款利息，稅務機關及時查實後應當立即退還;涉及從國庫中退庫的，依照法律、行政法規有關國庫管理的法規退還。
2、因稅務機關的責任，致使納稅人、扣繳義務人未繳或者少繳稅款的，稅務機關在三年內可以要求納稅人、扣繳義務人補繳稅款，但是不得加收滯納金。
3、因納稅人、扣繳義務人計算錯誤等失誤，未繳或者少繳稅款的，稅務機關在三年內可以追征稅款、滯納金；有特殊情況的，追征期可以延長到五年。
4、對偷稅、抗稅、騙稅的，稅務機關追征其未繳或者少繳的稅款、滯納金或者所騙取的稅款，不受前款規定期限的限制。
國稅總局——中華人民***和國稅收征收管理法實施細則
國稅總局——中華人民***和國稅收征收管理法