由於公車改革的主體基本都是黨政機關等非營利性行政事業單位，如果拍賣所得全額繳入國庫，那麽買受人承擔的稅費在不同省市會有不同的執行。拍賣所得未全額直接繳入國庫的，公車處置收入扣除相關稅費後應當上繳中央國庫。
對車改拍賣收入，符合繳納增值稅條件的，應根據《中華人民共和國財政部國家稅務總局關於簡並增值稅稅率政策的通知》(財稅[2014]57號)，按照簡並統壹的增值稅稅率計算繳納，即6%和4%的增值稅稅率應統壹調整為3%。拍賣公車時，應參照納稅人出售使用過的固定資產或納稅人出售二手物品，即銷售額=含稅銷售額÷ (1+3%)，應納稅額=銷售額×2%。