企業的研究開發費用是以單個研發活動為基本單位分別進行測度並加總計算的。企業應對包括直接研究開發活動和可以計入的間接研究開發活動所發生的費用進行歸集，並填寫附件2《高新技術企業認定申請書》中的“企業年度研究開發費用結構明細表”。
企業應按照“企業年度研究開發費用結構明細表”設置高新技術企業認定專用研究開發費用輔助核算賬目，提供相關憑證及明細表，並按本《工作指引》要求進行核算。