基本程序是：
1、選案：根據案源信息篩選，決定是否立案；
2、立案；
3、檢查：結果制作《稅務稽查報告》。實施檢查之日起60日內完成，確需延長檢查時間的，應當經稽查局局長批準；
4、審理：檢查完畢，檢查部門應當將《稅務稽查報告》、《稅務稽查工作底稿》及相關證據材料，在5個工作日內移交審理部門審理，並辦理交接手續。審理部門接到檢查部門移交的《稅務稽查報告》及有關資料後，應當在15日內提出審理意見。