深圳市地方稅務局主要負責全市範圍內的營業稅、企業所得稅（不含金融保險行業企業所得稅）、個人所得稅、房產稅、印花稅（不含證券交易印花稅）、城市維護建設稅、土地增值稅、契稅、耕地占用稅、車船稅、城鎮土地使用稅11個稅種，以及教育費附加、文化事業建設費2項費的征管。同時，還負責代收費3項，包括代市水務局征收堤圍防護費、代市總工會征收工會經費和代省地稅局征收在深省屬企業社會保險費。全局管轄納稅戶58.69萬戶，比機構成立初期的12萬戶增加了近4倍，其中企業37.29萬戶、個體20.49萬戶。