在輔導期內，商貿企業取得的專用發票抵扣聯、海關進口增值稅專用繳款書和廢舊物資普通發票以及貨物運輸發票要在交叉稽核比對無誤後，方可予以抵扣。
對小型商貿企業，主管稅務機關應根據約談和實地核查的情況對其限量限額發售專用發票，其增值稅防偽稅控開票系統最高開票限額不得超過壹萬元。專用發票的領購實行按次限量控制，主管稅務機關可根據企業的實際年銷售額和經營情況確定每次的專用發票供應數量，但每次發售專用發票數量不得超過25份。
商貿零售企業和大中型商貿企業，主管稅務機關也應根據企業實際經營情況對其限量限額發售專用發票，其增值稅防偽稅控開票系統最高開票限額由相關稅務機關按照現行規定審批。