1、職能不同。審計局主要負責地方政府各部門和所有企事業單位的審計監督工作，稅務局是主管稅收工作的政府機構。
2、權力不同。審計局依法代表國家行使審計監督權，具有獨立性和權威性，稅務局是具有行政執法權和行政管理權的國家行政單位。