機構級別為正處級。市局下設稽查局、東汽分局、車城分局、茅箭分局、張灣分局等5個副處級機構和經濟開發區分局、武當山旅遊經濟特區地稅局等2個正科級機構。市局機關內設：辦公室、政策法規科、收入規劃科、財務裝備科、征收管理科、稅政管理科、規費管理科、納稅服務科、技術管理科、人事科、行政管理科、機關黨委、監察考評科、離退休幹部科等14個科室。下轄丹江口市、鄖縣、鄖西縣、竹溪縣、竹山縣、房縣等6個縣（市）地方稅務局。