壹般來說，獨立核算的設置是在企業提交稅務登記申請的時候進行的。在提交申請時，企業需要提供相關的資料和證明，經稅務機關審核通過後，才能正式設置獨立核算。
不過，獨立核算的設置也不是壹勞永逸的，企業在實際經營過程中可能會發生變化，此時企業也可以通過申請的方式進行調整或取消獨立核算的設置。