水利建設基金的計稅依據是實際發生的增值稅、消費稅和企業的銷售額不含稅。水利建設基金的稅率在各地有很大的自主權，各地實際征收的稅率差異很大。具體稅率各省不壹樣。
以銷售額為計稅依據。這裏的銷售額是指企業的免稅銷售額。這種方法被廣泛使用。比如浙江水利基金的稅率是0.01%；寧夏回族自治區水利建設基金稅率為0.07%；湖南水利基金稅率為0.06%。
以實際繳納的增值稅和消費稅為準。這個依據主要是以山東為例。山東在征收水利建設基金時，采用了與其他省份不同的計算方法，即以實際發生的增值稅和消費稅作為計稅依據。
水利建設基金征收標準
從事生產經營的單位和個人應繳納的水利建設基金，由地方稅務機關根據增值稅和營業稅的納稅期限，按月或按季征收。繳納義務人按生產經營收入的0.6‰征收，並自到期之日起15日內向機構所在地稅務機關申報繳納水利建設基金。
其中，省電力公司及其下屬統壹核算單位在其總公司所在地繳納；納稅義務人在本省取得的建築安裝勞務收入、土地使用權轉讓和出租收入、不動產出售和出租收入，應當按照規定的期限向建築安裝勞務發生地、土地所在地和不動產所在地的地方稅務機關申報繳納。自應當申報繳納之日起超過6個月未申報繳納的，由其機構所在地地方稅務機關補征。