法律分析：稅款已經繳納是否可以申報作廢，需要根據具體情況來決定。提交退稅申請後，在稅務機關終審前可以作廢申報，但是如果稅務機關審核通過已經提交國庫部門的，不能作廢申報，只能在前次申報基礎上辦理更正申報。 若發現申報錯誤需要修改，可通過更正申報進行處理。 如果已經申請退稅並已進入國庫辦理環節，這時要等國庫辦理結束，之後再按上述操作進行更正申報。
法律依據：《中華人民***和國個人所得稅法》第十四條 扣繳義務人每月或者每次預扣、代扣的稅款，應當在次月十五日內繳入國庫，並向稅務機關報送扣繳個人所得稅申報表。納稅人辦理匯算清繳退稅或者扣繳義務人為納稅人辦理匯算清繳退稅的，稅務機關審核後，按照國庫管理的有關規定辦理退稅。