企業壹旦發生重大涉稅違法欺詐行為(如偷稅、騙稅等。)，認定機構將取消該企業的高資質，主管稅務機關將追回該企業已享受的稅收優惠。需要強調的是，上述取消資格都是在壹個大級別的前提下。如果企業只有稅務稽查不良記錄或因違規被處罰，對申報高新技術企業沒有特別影響。