1、選案，是確定稅務稽查對象是稅務稽查的重要環節。
2、實施稽查，稅務稽查實施階段是稅務稽查工作的核心和關鍵環節。
3、審理，稅務稽查審理是稅務稽查機構對其立案查處的各類稅務違法案件在實施稽查完畢的基礎上，由專門組織或人員核準案件實施、審查鑒別證據、分析認定案件性質，制作《審理報告》和《稅務處理決定書》或《稅務稽查結論》的活動過程。
4、執行，隨著稅收法制建設的不斷加強，納稅人的稅收法制觀念也在不斷提高，稅務稽查文書送達後，被查對象壹般都能自動履行稅務機關做出的法律文書所規定的義務——自動辦理補報繳納。逾期不履行的，稅務機關將采取強制執行措施。