稅務稽查風險主要有四大類：
（1）被查對象存在著稅收違法行為，但稽查人員在檢查時未能發現，從而引起稅務稽查意見失當的風險。
（2）受到稽查人員水平和稽查成本效率的制約，影響到稅務稽查判斷和評價的正確性，或稽查機構認為作出稽查意見的證據已充分可靠，但與行政復議、行政訴訟中的證據要求存在差距。
（3）稅務稽查人員受到環境因素的影響和自身素質的制約，如稅務稽查人員的玩忽職守或徇私舞弊，對被查對象的涉稅違法行為視而不見，造成不征少征稅款，最後被追究刑事責任。
（4）稅務檢查事後因缺乏監督和管理，納稅人對檢查結果不作正確的賬務調整，導致企業再次偷稅。