1.在選案過程中，稅務稽查局選案科對稅務檢查對象進行篩選。選擇完成後，經稽查局局長批準，將計劃進行稅務檢查的企業名單送到稽查科進行檢查。
2.在檢查過程中，稽查部門會組織稽查人員根據案件選擇部門的企業名單進行稅務檢查，收集案件的證人證言和書面證據，整理制作稅務檢查報告，然後將案件移送稅務稽查局審判部門。
3.在審判環節，稅務稽查結束後，審判科對案件進行審理，對稽查人員的初步意見作出最終決定，並形成結論性文件。
4.在執行階段，稅務執法部門應當將稅務處理決定送達當事人，要求其補繳稅款。稅款入庫後，形成執行報告，繳款憑證復印件等材料交檔案管理部門保管。