提交代開申請後，如果申請代開的發票符合系統自動代開規則，會彈出票樣信息供納稅人檢查信息是否正確，如果有誤則點擊修改，無誤點擊確定。
確認無誤後，系統自動代開發票。如果申請代開的發票不符合系統自動代開規則，會彈框提示納稅人將轉人工審核，請納稅人等待審核。
申請辦結後進入用戶中心（點擊業務辦理界面右上角公司名稱或者點擊發票代開模塊裏面的歷史記錄進入到用戶中心）在繳款通道中繳納稅費。系統會彈出本次代開應繳納的增值稅、城市維護建設稅、教育費附加、地方教育費附加的金額，請按系統提示繳款。