申報表已經發送成功後，如果發現數據有誤，當申報狀態為申報成功未扣款或者申報成功無需扣款時，可以進行申報表作廢。如果未出現申報狀態，需繼續點擊獲取反饋，查詢狀態之後再進行申報表作廢。申報表作廢後，扣繳單位可以根據正確數據重新填寫申報。
申報完成了，並且扣款也完成了，發現稅款有誤，可以使用申報更正功能，對報表的稅款進行更正，重新填寫收入表單，然後重新點申報表報送，重新進行申報。對於少繳稅款情況，申報更正是全額更正，差額扣款，更正後的扣款是之前少繳的部份。對於多繳稅款情況，可以客戶端正常進行變更，然後去大廳申請退款，也可以直接大廳變更，然後申請退款。
根據國家稅收政策和扣繳單位實際情況，金稅三期個人所得稅扣繳系統會進行優化和升級。因為該系統自帶後臺自動升級更新功能，如果出現了新的版本，扣繳單位不需要重新下載安裝，打開軟件後系統會自動進行更新升級。