從組織性質看，稅務代理機構是專職稅務代理機構，可以是註冊稅務師合夥設立的組織，也可以是壹定數量的註冊稅務師發起設立的有限責任稅務代理機構。會計師事務所是依法獨立承辦註冊會計師業務的中介服務機構。
從業務人員構成看，稅務師事務所主要由註冊稅務師組成，會計師事務所主要由註冊會計師組成。從審計內容看，會計師事務所主要從事會計報表審計、驗資等工作；稅務代理主要從事稅務審計。
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