如果沒有全額繳納，可以通過報關單作廢功能作廢原申報，然後重新申報；如果已經繳納，納稅人可以通過申報糾錯功能進行更正。申報錯誤更正後，系統會根據申報前後的信息自動判斷需要退還的金額:
壹是如果待退稅額為正，系統會自動生成余額稅，納稅人可以在繳納期內通過繳納功能繳納稅款，但如果超過繳納期，則需要到大廳繳納；
二是應退金額為負數，即存在多繳稅款的，納稅人應向主管稅務機關申請退稅抵扣；
第三，如果待退稅額為零，系統會自動調整申請數據，納稅人無需繳稅或辦理退稅流程。