1、證書版發的規定不同
（1）註冊稅務登記證是稅務部門根據有關規定頒發給非獨立核算的分支機構和雖然是事業單位性質(因為沒有在工商行政管理部門註冊或者有其它性質的許可證照)但有納稅義務單位的壹種專門的稅務登記證。
（2）稅務登記證壹般是頒發給通常定期有納稅生產和經營的納稅人.
2、證書的使用者不同
（1）註冊稅務登記證是非法人單位的稅務登記證；
（2）稅務登記證是法人單位的稅務登記證。
稅務登記又稱納稅登記是指稅務機關根據稅法規定，對納稅人的生產、經營活動進行登記管理的壹項法定制度，也是納稅人依法履行納稅義務的法定手續。稅務登記又稱納稅登記，它是稅務機關對納稅人實施稅收管理的首要環節和基礎工作，是征納雙方法律關系成立的依據和證明，也是納稅人必須依法履行的義務。
稅務登記證是納稅人履行納稅義務的書面證明，納稅人憑稅務登記證（這裏指副本）可辦理下列稅務事項：
（1）申報辦理減稅、免稅、退稅；
（2）購領發票；
（3）申報辦理外出經營稅收管理證明；
（4）申報辦理稅務機關規定的其他有關事項另外，從事生產經營的納稅人到外縣（市）從事生產、經營活動的，必須持所在地國稅局填發的外出經營活動稅收管理證明，向營業地國稅局或地稅局報驗登記，接受稅務管理。