1、定義不同：
四級主辦是行政執法類公務員的職級之壹，四級主任科員是綜合管理類公務員的職級之壹。四級主任科員屬於綜合管理類非領導職務序列。主任科員是正科級，屬於非領導職務，所以職責略低於科長、鄉長、鎮長等領導職務的正科級領導職務。
2、工作內容不同：
四級主辦的工作內容主要是依照法律、法規對具體的管理對象進行監管、處罰、強制和稽查，四級主任科員具體從事規劃、咨詢、決策、組織、指揮、協調、監督及機關內部管理工作。
3、數量不同：
四級主辦主要集中在公安、海關、稅務、工商、質檢、藥監、環保等政府部門，且只存在於這些政府部門中的基層單位，四級主任科員屬於綜合管理類公務員範疇，數量非常多，是公務員職位的主體。