1.稽查局
職責：貫徹執行稅務稽查規章制度，擬定具體實施辦法；偷稅、逃避追繳欠稅、騙稅、抗稅案件的查處；組織、指導、協調、考核稅務稽查工作；組織稅務稽查人員培訓和考評；協調稅務稽查中的司法工作；承辦稅務稽查案件選案、檢查、審理和執行工作；牽頭組織、協調、指導稅收專項檢查和發票協查；稅收違法案件舉報管理；與地稅稽查部門的日常協調配合等工作。
2.直屬稅務分局
負責中國石油天然氣股份有限公司吉林油田分公司、吉林石油集團有限責任公司及吉林油田分公司合資合作的油氣田開采企業的增值稅和所得稅的征收管理工作。