綜合保稅區和保稅港區壹樣，是中國開放層次最高、政策最優惠、功能最齊全、手續最簡便的特殊開放區域。與壹字保稅區相比，它的功能更加齊全。整合了原有的保稅區、保稅物流園區、出口加工區等外向型功能區後，成為更開放的形式，更符合國際慣例。
綜合保稅區是在內陸地區設立的具有保稅港區功能的海關特殊監管區域。海關參照有關規定對綜合保稅區進行管理，執行保稅港區稅收和外匯政策，集保稅區、出口加工區、保稅物流區和港口功能於壹體，可發展國際中轉、分撥、采購、轉口貿易和出口加工。
根據現行相關政策，海關對保稅區實行封閉管理，國外貨物進入保稅區實行保稅管理；從中國其他地區進入保稅區的貨物視為已經出境；同時，外經貿和外匯管理部門也對保稅區實行相對優惠的政策。企業在綜合保稅區開展港口業務。貨物經園區海關、商檢等部門檢驗合格後，可在任意口岸(海港或空港)出口，無需開箱檢驗。