因為稅務局每年都要對企業的所得稅進行匯算清繳，如果是查賬征收，他們就要對企業的賬簿進行檢查，對報表中的會計利潤進行調整，對不符合稅法要求的成本要增加應納稅所得額。如果調整後的應納稅所得額為正值，且以前年度無虧損，則應按照企業適用的所得稅稅率(25%或其他稅率)繳納所得稅。
如果以前年度有可以彌補的虧損(不是企業報表中的累計虧損，而是稅務局核定的累計虧損，年度所得稅申報表中有附表計算可以彌補的虧損)，稅務局當年調整的企業應納稅所得額，減去以前年度可以彌補的虧損，再乘以適用的稅率，就計算出當年應繳納的所得稅。
每年的企業所得稅申報表都有十幾個附表，所得稅的最終匯算清繳是壹個非常復雜的過程。