個人所得稅年度匯算退稅，需經過必要的核對程序，稅務、財政、國庫、銀行等部門要聯動辦理，為確保納稅人能夠安全收到退稅款，還要校驗納稅人填報的銀行賬戶是否真實有效。
如果納稅人填報數據不準確、有漏項，個別納稅人虛假申報，或大量納稅人集中申請退稅導致業務量過大，就會在時間上影響退稅進度。
年度匯算剛剛開始時，申報退稅的納稅人不多，退稅到賬時間相對較快；近來，辦理年度匯算退稅的納稅人數量成倍增加，已達數千萬筆以上，壹些不準確或不誠信的申報也開始增多，以致辦理退稅時間拉長。
目前，稅務、國庫等部門正在全力以赴、滿負荷地抓緊處理。
在此，也提醒廣大有任職受雇單位的納稅人，盡量按照稅務機關前期與各單位約定的時間段辦理年度匯算，避免紮堆擁堵，以獲取更優的辦稅體驗。