對於符合規定，應進行土地增值稅清算的項目，納稅人應當在滿足條件之日起90日內到主管稅務機關辦理清算手續。對於符合該規程第十條規定，稅務機可要求納稅人進行土地增值稅清算的項目，由主管稅務機確定是否進行清算。
為保證保證土地清算工作的準確性，避免稅務風險，房地產企業必須關註土地增值稅清算的時點，在清算前應確保所有的收人和成本費用都已人賬，且成本、費用都已得合法票據，因為在土地增值稅清算中，計算扣除項目金額時其實際發生的支出應當取得但未取得合法憑據的不得扣除。