退個人所得稅手續費流程如下，
1、打開自然人電子稅務局（扣繳端）（以下簡稱扣繳端），登錄扣繳端。
2、登錄進入扣繳端界面，“代扣代繳”子目錄下進入退付手續費核對功能。
3、點擊獲取結報單，等待系統自動查詢出退付手續費信息後核對所屬期、數據是否準確。
4、核對無誤後，點擊“我已核對無誤”按鈕提交。
5、點擊“我已核對無誤”後系統彈出“代扣代繳手續費退費申請”，選擇“開戶銀行”、“銀行賬號”，“開戶銀行網點”自動帶出。閱讀聲明後，點擊“提交”。提示信息“確認成功”彈框，點擊“確定”。
6、完成後系統將推送至稅務機關審核，等待審核完成後，即可返還對應的手續費。
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