1.安裝後，外貿公司進出口退稅申報系統和出口退稅網會根據服務器維護設置公司信息。
2、根據出口退稅系統軟件進行進出口清單申請數據信息的錄入、審批。
3.取得增值稅發票後，在稅票開具後30日內，在“發票認證系統軟件”或稅務局進行發票信息核查。
4、根據出口退稅系統軟件進行貨物清單申請數據信息的錄入、審批。
5.按照系統軟件中的“數據處理方法”“檢查取貨出入口總數關系”“檢查交換成本”轉換為申請前數據信息。
6.網上預申請，查看審批意見反饋。
7.將報關文件的數據信息記錄在報關系統中備案。
8、根據審批情況，進行申請公告，確定公告申請數據信息中的預申請數據信息。
9.《進出口貨物清單申報單》、《貨物收訖清單申報單》和《進出口退稅申請明細表》復印件；並將其轉換成硬盤用於出口退稅申請。硬盤裏要有12單據，轉換後的硬盤上要寫公司名稱和海關編碼，用於出口退稅。
10.提前準備出口退稅申請材料，並在出口退稅處公告出口退稅申請；(申請公告必須在出入境之日起90天內提出)