網上報稅清卡操作步驟為：按照金稅卡上面的操作，先進行抄稅。點擊報稅，進行報稅。按照箭頭上的操作提示，壹步壹步的進行。最後進行清卡，清卡的操作相當於將金稅卡解鎖，可以在下個月繼續使用。只要是進行了遠程抄報稅，並且查詢狀態為報稅成功的，可以不用再去稅務局抄稅。或者只是去送紙質的報表，不用再進行抄稅工作。只有國稅網上申報了以後，才能進行報稅清卡操作，否則不成功。
網上申報納稅的企業每月申報期都必須填寫《通用納稅申報表》。表中包括本申報期納稅人應當申報的全部稅種信息，如稅種名稱、稅目名稱、稅款所屬時期、稅率以及稅種是否代扣、委托等。網上報稅將各稅種以壹定形式統壹在壹張綜合表中，並由系統根據各個稅種設定計算公式。
《通用納稅申報表》中需要納稅人填寫的數據是計稅依據和允許扣除項目，其他數據項目可由系統根據內定的公式自動計算出來，納稅人也可以修改。 網上報稅需填寫報送的其他納稅申報表如企業所得稅申報表、企業所得稅匯算清繳申報表。